Secara Geografis dan secara administratif Desa Harjosari merupakan salah satu dari 272 Desa di Kabupaten Pekalongan, dan memiliki luas wilayah ± 280,313 Ha (dua ratus delapan puluh koma tiga ratus tiga belas Hektar) secara topografis terletak pada ketinggian 250 meter diatas permukaan laut. Desa Harjosari terdiri atas 3 padukuhan, yaitu Dukuh Kedempel terdiri atas RT 01- RT 04, Dukuh Dempel Gedong terdiri atas RT 05, dan Dukuh Randukuning terdiri atas RT 06- RT 09.

Secara Astronomis Harjosari terletak pada ....derajat LU - -7,028.708 derajat LS dan .... derajat BT – 109.685.140 derajat BT. 

Posisi Desa Harjosari yang terletak pada bagian Timur Selatan Kabupaten Pekalongan dengan batas-batas wilayah sebagai berikut:

 Sebelah Utara             : Desa Sawangan Kec.Doro

 Sebelah Selatan          : Desa Rogoselo Kec.Doro

 Sebelah Timur            : Desa Lemahabang Kec.Doro

 Sebelah Barat             : Desa Rogoselo Kec.Doro

Lahan di Desa sebagaian besar merupakan tanah kering 55% ( Lima puluh lima persen) dan tanah sawah 45% ( empat puluh lima persen).